Pada 7 Agustus 1999 Panglima Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (ABRI) merangkap Menteri Pertahanan dan Keamanan Republik Indonesia, Jenderal Wiranto mencabut status Daerah Operasi Militer (DOM) Aceh.
Pencabutan statu DOM Aceh dilakukan karena kondisi keamanan di Aceh dinilai sudah relatif aman, selain itu juga desakan banyak pihak karena operasi militer di Aceh telah menimbulkan banyak korban. Pencabutan DOM Aceh juga dilakukan atas restu Presiden BJ Habibie.
Selain itu dicabutnya DOM Aceh juga atas desakan mahasiswa dari berbagai universitas dan perguruan tinggi di Aceh yang melakukan aksi demonstasi dan mogok makan. Para mahasiswa Aceh selain menuntut pencabutan DOM juga meminta agar para pelaku pelanggaran Hak Azasi Manusia (HAM) di Aceh diadili, mereka juga menolak pembentukan kembali Komando Daearah Militer (Kodam) Iskandar Muda.
DOM di Aceh digelar sejak tahun 1989 dengan dalih untuk menumpas Gerakan Aceh Merdeka (GAM) yang oleh pemerintah Republik Indonesia dinamai sebagai Pengacau Keamanan (GPK) atau Gerakan Pengacau Liar (GPL). Perang panjang antara pasukan GAM dengan TNI menyebabkan banyaknya pelanggaran HAM di Aceh.
Untuk mengusut pelanggaran HAM di Aceh tersebut Presiden BJ Habibie sampai harus membentuk Komisi Independen Pengusutan Tindak Kekerasan di Aceh. Hasilnya didapatkan ada lebih 7.000 pelanggaran HAM di Aceh sepanjang periode penerapan DOM yakni dari tahun 1989 hingga 1998.
Sementara itu Komisi Nasional Hak Azasi Manusia (Komnas HAM) menemukan, selama penerapan DOM di Aceh terjadi 781 orang tewas, 163 orang hilang, 368 orang dianiaya, 3.000 perempuan menjadi janda akibat suaminya hilang atau meninggal, 20.000 anak menjadi yatim, 98 unit rumah dibakar, 102 perempuan diperkosa.[]
