Pada 18 Agustus 1511 Portugis yang menduduki Malaka menjadi ancaman bagi perdagangan rempah-rempah di Aceh. Raja Aceh yang sudah melakukan kontak dagang dengan kerajaan-kerajaan Islam di India, Persia, Mesir, Turki, dan Bandar-bandar dagang di Laut Merah, menyadari hal tersebut. Akan tetapi tetap menjaga hubungan dengan Portugis.
Persaingan dagang kemudian membuat hubungan itu renggang, karena Portugis berhasrat untuk memonopoli perdagangan rempah-rempah di Selat Malaka. Karena itu pula Portugis berusaha menghentikan semua pengangkutan rempah-rempah dari pelabuhan Aceh.
Persaingan dagang itu semakin meruncing, puncaknya pada tahun 1547 Kerajaan Aceh melakukan penyerangan pertama kali terhadap kedudukan Portugis di Malaka. Dalam penyerangan ini berhasil menenggelamkan dua kapal Portugis yang berada di pelabuhan Malaka dan juga berhasil mendaratkan tentaranya di sana serta mengepung Portugis yang hanya bertahan di dalam bentengnya. Kerajaan Aceh mengultimatum penguasa Portugis yang berada di benteng yaitu Simao de Mello supaya menyerah kepada pihak Aceh.
Untuk menghadapi serangan Kerajaan Aceh itu Portugis kemudian mendapatkan bantuan yang datang dari Goa dan juga dari kerajaan Johor. Dengan demikian pasukan Aceh terpaksa menarik diri dari Malaka. Karena kerajaan Johor telah membantu pihak Portugis, maka pada tahun 1564, Aceh menyerang kerajaan itu dan berhasil mendudukinya. Sultan Johor terbunuh dalam penyerangan itu dan sejumlah tawanan dari Johor di angkut ke Bandar Aceh Darussalam, ibu kota kerajaan Aceh. Untuk beberapa tahun Johor menjadi vazal kerajaan Aceh.
Tindakan Aceh menyerang dan menguasai Kerajaann Johor di Semenanjung Melayu itu dilakukan sebagai persiapan untuk menyerang kembali Portugis di Malaka. Sultan Aceh menguasai Johor agar kerajaan itu tidak memiliki berkesempatan untuk membantu Portugis seperti pada penyerangan tahun 1547.
Sementara itu Portugis memperbesar kekuatannya di Malaka dan mengatur persiapan untuk menyerang balas kota Bandar Aceh. Don Antonio de Noronda penguasa Portugis yang baru untuk Malaka, dalam tahun 1564 telah memperoleh informasi tentang Kerajaan Aceh yang telah membentuk suatu persekutuan dengan beberapa kerajaan Islam untuk menentang Portugis.
Kerajaan Aceh kemudian menyusun langkah-langkah untuk mengusir Portugis dari kawasan Selat Malaka, salah satunya dengan memperkuat angkatan perang terutama armada lautnya. Hal ini dilakukan di bawah kuasa Sultan Alaudin Riayat Syah al Kahhar (1537-1571). Untuk tujuan ini, salah satu cara yang ditempuh adalah menjalin hubungan dengan kerajaan Islam terkemuka pada waktu itu, yaitu Turki. Dengan bantuan militer Turki maka Aceh berhasil menhusir Portugis dari Selat Malaka.[]
